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据2016年2月学校官网统计，图书馆馆藏文献285万册（其中二级学院资料室藏书14万余册），其中纸质文献135.4万册，电子文献149.6万册。中外文纸质期刊1100多种。形成了以生物医学为核心的收集体系，包括哲学、人文、社会科学和管理、经济、文学等自然科学文献。【36】电子资源包括VIP期刊资源整合服务平台（remote）、VIP中文期刊数据库（mirror）、万方数据知识服务平台（remote）、万方医学网（mirror）、中国知识网（remote）、巨星数字图书馆（remote）、巨星数字图书馆（mirror）、金地图（mirror）、就读秀中文学术搜索（remote），百联学术检索（remote）、CALIS高等教育数字图书馆（remote）、CALIS外文期刊网（remote）、Ovid数据库（remote）、EBSCO英文科技期刊数据库（remote）、万方中医知识系统（mirror）、万方医学视频（mirror）、CBM（mirror）| sinomed（remote）、PubMed（remote）等。
《西南医科大学学报》是由四川省教育厅主办，西南医科大学主办的综合性医学学术期刊。经中华人民共和国新闻出版总署批准，在国内外公开发行。它是一种具有学术性、实用性和规范性特点的双月刊。主要出版基础医学、实验研究、中医药与中西医结合、临床医学、技术方法、药学研究、综述与讲座、护士护理医学、病案报告等手稿。
1989年，该杂志进入中国科技论文统计分析数据库；1999年，被列入《中国期刊网》、《中国学术期刊》（光盘版）全文；此后，它被纳入了中国国内大型数据库，如科技部西南信息中心的中国科技期刊数据库、万方数据-数字期刊集团、解放军医学图书馆的中国生物医学期刊文献数据库和中央生命科学图书馆的数据库。2007年，被纳入《中国核心期刊（精选）》数据库全文。
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