重庆市卫校多年的教学理念是培养具有药学基础理论、基础知识和实验技能，并能应用于药品生产、检验、流通和使用研究领域的技术人才。药学专业的学生主要学习药学的基本理论和知识。
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目前，药学系拥有药学、中药、药品经营管理、药品生产技术、保健品开发管理五个专业，形成了以药学为主导专业的药学专业群结构。设有药学教研室、药物经营管理教研室、药物科教研室、中药教研室、药物化学教研室、生物制药教研室、药理学教研室等8个教学单位，以及健康产品的开发和管理。近年来，完成多项科研项目，获省部级成果奖；编辑或参与编制国家规划教科书的有50多人；每年在学术期刊上发表论文数十篇；3名教师入选四川省卫生厅“学术技术带头人后备人选”，1名教师入选省人才，2名教师入选四川省高职院校专业带头人，1名教师入选四川省高校优秀科研人才培养计划，1名教师入选四川省高校优秀青年科研人才培养计划。药学与药理学被评为省级精品课程，药学被评为“省级示范专业”和“省级精品专业”，药学教学团队被评为“省级教学团队”。2016年6月，药学专业荣获“首批全国高职院校卫生服务示范专业”。
药剂科拥有一个占地1400平方米的五层科室大厅，设有各种实验（培训）室，用于制药、药物分销、药物化学、生物技术、药理学、中药鉴定、细胞工程、基因工程、保健品和化学。近年来，药学系积极推进实践教学体系改革，加强学生职业技能和实践能力的培养。目前，占地1059平方米的制剂培训车间已建成并投入使用，配备了用于片剂、胶囊剂、注射剂等剂型制备的大型制药机械设备；精密仪器中心配备超高效液相色谱仪、气相色谱仪、紫外分光光度计等精密仪器，可用于各种剂型的质量检测；细胞工程实验室拥有倒置显微镜、CO2培养箱、多功能酶标仪等科研设备；基因工程实验室拥有实时定量PCR、凝胶电泳等科研仪器；中药标本馆收集了数千份动植物标本，是模拟药房、静脉给药中心、SPF级屏障系统动物实验室等培训教学场所；此外，占地3000多平方米的药用植物园还培育了数百种中草药植物；制药培训基地得到了中央政府的支持。药学系拥有先进的教学设施和仪器设备，能够满足药学课程实验实训教学和科研的需要。
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“德、博学、求实、奋进”是药学部的精神；团结、合作、奉献是药学部的优良传统。药学系的办学目标是为国家培养具有扎实专业理论知识和较强专业实践技能的高端技能型药学专业人才，能够从事药学服务、药品生产、配药、药品质量检测、，各级医疗机构、药品生产企业和药品经营企业化妆品、保健品的药品营销和质量检测。多年来，药学系全体教职员工在教学、科研、学生管理等方面努力进取，追求卓越。
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重庆市卫校药学专业具有良好的思想、文化和科学素质，具有较强的创新意识和发展潜力。这个领域的人才在社会上仍然非常稀缺。在未来，这个行业的发展将非常有希望。
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