坚持自主创新，不断提高科研能力和水平。“十二五”以来，率先承担国家重大科技项目、国家重大科研项目、国家重点研发项目、国家重点基础研究与发展计划（973计划）、国家高级技术职称术研究与发展计划（863计划），国家科技支撑计划项目有960多个教育部新世纪优秀人才项目和国家自然科学基金项目。先后获得各类科技成果奖120多项，其中国家科技进步二等奖3项，重庆市科技奖、中国医药科技奖等省部级奖项60多项。我校自主研发的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海府刀）是世界第一台，也是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。
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学校拥有44个国家、省部级研究机构，其中国家工程研究中心1个，国家生物产业基地实验动物中心1个，国家国际科技合作基地1个，教育部重点实验室3个，教育部国际合作联合实验室1个，1个教育部共建的国家重点实验室培养基地，5个省级工程研究中心和23个省级重点实验室，1个重庆国际科技合作基地，6个重庆临床医学研究中心，1个省级人文社会科学基地。此外，还有省级“海外高层次人才创新创业基地”和“院士专家工作站”。
学校积极开展国内外交流与合作。近年来，学校与欧洲、亚洲、北美、大洋洲20个国家和地区的44家教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际知名大学，广泛开展师生交流和国际科研合作。同时，与复旦大学、华中科技大学等“双一流”建设大学联合培养长期医学生。
学校现有9所直属医院（5所综合医院、1所儿童医院、1所口腔医院、1所康复医院、1所中医医院）。第一附属医院、儿童医院和第二附属医院连续六年入选“中国最佳医院”前100名（复旦大学医院管理研究所发布），2022年分别排名第52、58和93位。各直属医院拥有国家重点临床专科28个，床位11000多张，门诊1035万人次，住院40万人次。此外，学校还拥有20所非直属医院和30所教学医院，分布在重庆、四川和深圳。
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